大學的正規課程的修讀年限是 4 年。醫科、牙科、一部份的藥科及獸醫科則是 6 年。有些大學除了正規課程，亦設「旁聽生」、「科目等履修生」等制度。除了為取得學位或作研究為目標的留學之外，有些大學也設有不會以取得學位為目標的短期留學制度。
除此之外，短期大學的修讀年限通常為 2 年，也有3 年制的如醫療技術、護士學科等。大學是以學術原理和理論的研究、教育為主，而短期大學則把教育重點放在對進入社會後，可以直接運用的技能培訓上。
以下是大學 、短期大學的入學資格 (除大學院外)：
| 大學 |
入學金 |
學費 |
首年度合計 |
| 国立大學 |
282,000日圓 |
535,800日圓 |
817,800日圓 |
| 公立大學 |
393,426日圓 |
537,809日圓 |
931,235日圓 |
| 私立大學文科系 |
242,579日圓 |
746,123日圓 |
988,702日圓 |
| 私立大學理科系 |
262,436日圓 |
1,048,763日圓 |
1,311,199日圓 |
Top Global University Project (スーパーグローバル)
原G30 (Global 30)計劃。「Top Global University Project」是一個由日本文部科學省於2014年設立的計劃，目的是希望推進大學教育的全球化、提高日本大學的國際競爭力、培育在全球舞台活躍的人才。當中分為2種類別: 「頂尖型」(13間)、「全球化牽引型」(24間) ，共37間大學。參與的學校將開設本科學位課程，為外地學生提供財政支援，並積極招收世界各地的學生，課程會以英語授課。
※具有世界排名100大的實力，進行世界級研究的大學
【國立大學】
【私立大學】
※以現有實績為基礎，挑戰新的任務，牽引日本的全球化的大學
【國立大學】
【公立大學】
【私立大學】
大學院
研究院在日本稱為「大學院」，設有修士課程（『碩士』稱為『修士』）和博士課程。
博士課程分兩部份，1)博士前期課程兩年(稱碩士課程)，2)後期課程三年，給共五年為博士課程。
醫科、牙科、獸醫科並沒設有碩士課程，只有四年的博士課程，但需要在同糸的大學完成6年的大學課程。
研究院分為兩大類